1985年、長崎県の西のはずれにある田舎町。

中学2年生の里中健太は、遊園地の跡地にこもって日々、ひとりきりで鉄くずを組み立てて遊んでいる。

そんな彼を学校のクラスメイトは“ガラクタ”と呼び、変人扱い。

傷ついた健太は、すっかり心を閉ざすようになっていた。

夏休みも終わりに近づいた、ある日のこと。

ガラクタは、東京から来たサヤカという西洋人の少女に出会う。

サヤカは、黒ずくめのスーツを着た男たちに追われていた。

ガラクタは、鉄くずから作り上げた武器を駆使し、ピンチの少女を救った。

事情を聴いてみると、サヤカは19世紀に失踪した先祖の謎を探るため、

この町にある無人島“くじら島”を目指しているという。

先祖失踪の謎を解くチャンスは、100年に1度。今日しかない。

警察に駆け込めば、サヤカは即座に家に連れ戻されてしまうだろう。

そこで、ガラクタはサヤカのボディガードを引き受けることに。

サヤカを護衛する過程の中、ガラクタは自らの価値に気づいていった。

ところが、サヤカが敵の手中に落ちることになってしまう。

すると、そのピンチを救ってくれたのは、

ガキ大将・グンソーと、その仲間のキノコ、ドンベエだった。

グンソーらの手助けを得て、ガラクタはサヤカを奪還。

刻一刻とタイムリミットの迫る中、ガラクタとサヤカは “くじら島”に向けて出発した。

果たして、少年たちがたどり着いた先で見たものとは、いったい……？